Presionado por las circunstancias, Comonfort decidió unirse a los sublevados. Parte de su equipo de colaboradores renunció a sus puestos mientras que Benito Juárez, presidente de la Suprema Corte, Isidoro Olvera, presidente del Congreso y algunos diputados fueron conducidos a prisión. Los estados de la República se dividieron en aquellos que apoyaban al Plan de Tacubaya y los que defendían el orden constitucional.

Los conservadores, por su parte, presionaron a Comonfort para que derogara las reformas liberales, a lo cual él se negó. Luego, trató de buscar una reconciliación con el ala liberal; excarceló a Juárez y llevó a cabo enfrentamientos armados contra los conservadores, en los cuales saldría mal librado. Ante lo inútil de su resistencia decidió no continuar en la lucha y abandonó el país dejándolo inmerso en una guerra civil.

En consecuencia se dan dos gobiernos paralelos. Uno encabezado por Benito Juárez que en su calidad de presidente de la Suprema Corte debía ocupar el Ejecutivo en caso de que el presidente se ausentara; y el otro presidido por Félix Zuloaga, a quien una junta de representantes había electo presidente. El primero defendería el orden constitucional, mientras el segundo se encaminaría a su destrucción. Juárez estableció su gobierno, en un primer momento, en Guanajuato, mientras Zuloaga en la capital gobernaba con las llamadas Cinco Leyes, que de hecho derogaban algunas de las reformas liberales como la Ley Lerdo, la Ley Iglesias y la Ley Juárez entre otras. Las diversas entidades del país tomarían una posición y defenderían a uno de estos dos gobiernos.

El ejército y el gobierno liberal irían sufriendo severas derrotas que lo llevaron a convertir su mandato en itinerante. Con todo y las penalidades a que se vieron sujetos continuaron dictando una serie de disposiciones legislativas que simbolizaron una postura aún más radical que la manejada en el congreso constituyente de 1857. La legislación dictada en Veracruz contempló diversos aspectos de la vida nacional y de sus habitantes.

Las leyes decretadas en ese estado, conocidas como Leyes de Reforma, establecieron al fin la separación de la Iglesia y del Estado. El 12 de julio de 1859 se promulgó la Ley de nacionalización de los bienes eclesiásticos; el 23, la Ley del matrimonio civil; el 28 la Ley orgánica del Registro Civil y la Ley sobre el estado civil de las personas; el 31, el decreto que declaraba que cesaba toda intervención del clero en cementerios y camposantos. El 11 de agosto se reglamentaron los días festivos y se prohibió la asistencia oficial a las funciones de la Iglesia. Un año más tarde, el 4 de diciembre de 1860, se expidió la Ley sobre libertad de cultos. Este conjunto de leyes fueron el inicio de una nueva era en la política, la economía y la cultura.

Pero mientras ello se hacía realidad, la guerra civil y los enfrentamientos constantes agotaron poco a poco a los habitantes del país, cansados de esta lucha fratricida, que en las últimas batallas había dado los triunfos a los liberales. Un hecho daría un giro radical a los acontecimientos: en 1859, el gobierno de Washington reconoció al de Juárez, y con ello, el jefe conservador Miguel Miramón promovió una conciliación entre ambos bandos.

Después de tres años de guerra civil, las fuerzas liberales encabezadas por el general Manuel González Ortega, enfrentaron la que sería la última batalla contra las fuerzas conservadoras dirigidas por Miramón en diciembre de 1860. Los liberales vencieron en la batalla de Calpulalpan en el valle de México, y finalmente el 1 de enero de 1861, Juárez hizo su entrada triunfal a la capital de la República.

Estos nuevos ataques a los intereses conservadores provocaron levantamientos por parte del ejército reaccionario. A pesar de haber sido derrotado por los liberales, Zuloaga hizo un nuevo pronunciamiento declarándose presidente de la República. La inquietud política se volvió a desatar y produjo fuertes enfrentamientos partidistas, incluso contra el presidente Juárez, que se esforzaba por mantenerse dentro del orden constitucional.

Sin embargo, los asesinatos de Melchor Ocampo y de Santos Degollado, en 1861 llevados a cabo por la reacción, hicieron que la situación política, económica y social se tornara crítica. El gobierno juarista decidió suspender pagos, buscar la forma de allegarse recursos por cualquier medio y mantener la suspensión de garantías. Estas medidas resultarían insuficientes para frenar los problemas con el ala reaccionaria y lograr la pacificación del país.

Con el fin de conseguir más recursos para frenar la guerra y arreglar la Hacienda Pública, el Ejecutivo tuvo que tomar medidas drásticas. La presentación ante el Congreso de una iniciativa de ley para suspender los pagos de deudas y obligaciones extranjeras durante dos años, fue el corolario a la angustiosa situación. Discutida en el seno de la Asamblea Legislativa, la iniciativa fue aprobada y se publicó en julio de 1861. La respuesta de las potencias afectadas fue inmediata y aunque la disposición se derogó en noviembre de ese mismo año, fue demasiado tarde pues la actitud asumida por los gobiernos extranjeros presagiaba el inicio de la intervención.

A raíz de la suspensión de pagos España, Francia e Inglaterra encontraron el pretexto idóneo para intervenir en los asuntos mexicanos. El 31 de octubre de 1861, en Londres, las tres naciones suscribieron un convenio, por el cual adoptaron las medidas necesarias para enviar a las costas de México fuerzas combinadas de mar y tierra. La intervención tenía el objetivo de cobrar deudas acumuladas desde tiempo atrás y si bien las demandas no resultaban extrañas, su cumplimiento era difícil en las circunstancias de la República. Sin embargo, el gobierno juarista se vio obligado a dar una respuesta. Reconoció la situación ruinosa del erario y, al mismo tiempo, advirtió los esfuerzos que mantendría para enfrentar dignamente los reclamos.

A pesar de la buena voluntad mostrada, algunas tropas españolas arribaron, en diciembre, al puerto de Veracruz, y para enero de 1862 ejércitos de las tres potencias europeas desembarcaron en nuestro territorio. Al menos una de ellas arribó con planes imperialistas promovidos por mexicanos, quienes ante el virtual fracaso del partido reaccionario, volcaron los ojos hacia Europa en un afán último por conservar sus privilegios e imponer un gobierno netamente conservador. Para 1860-1861, una comisión encabezada por José María Gutiérrez Estrada, José Manuel Hidalgo y Esnaurrízar y Juan N. Almonte persuadiría al gobierno de Napoleón III de apoyar una nueva intervención en México que llevara a implantar una monarquía. Una vez que se contó con su apoyo se decidió que el candidato ideal era Maximiliano de Habsburgo quien, después de renunciar a sus derechos al trono de Austria, aceptó el ofrecimiento que se le hacía.

Ante tal panorama, el presidente se vio en la necesidad de llamar a los mexicanos a unirse en contra de los invasores, pero el congreso, que se distinguió por una actitud antijuarista, frenó muchas de las iniciativas presidenciales. Tan fuerte era la oposición en la Cámara que 51 diputados suscribieron una petición formal para destituir a Juárez por incapaz; sin embargo, 52 diputados votaron a su favor, salvando su estancia en el poder por un solo voto.

El presidente se esforzó por llevar a cabo un arreglo de corte diplomático luego del ultimátum de la alianza tripartita. El ministro de Relaciones Exteriores, Manuel Doblado, inició un intercambio de notas con los gobiernos demandantes. Ante lo apremiante de la situación, el Congreso debió facultar al gobierno para tomar todas las providencias convenientes con el fin de salvar la independencia, defender la integridad del territorio así como la forma de gobierno prescrita en la Constitución y las Leyes de Reforma.

El gobierno mexicano logró llegar a un acuerdo con el representante español y suscribir el texto conocido como Los Preliminares de La Soledad. Dicho documento fue avalado por los británicos pero no así por los franceses, quienes, con este hecho, demostraron sus intereses intervencionistas.

El 9 de abril de 1862, las potencias suspendieron las negociaciones de la Convención de Londres, por lo que las tropas españolas e inglesas se retiraron del país. Mientras tanto, Almonte, que al amparo de las fuerzas francesas, había llegado a México, tomó el mando del gobierno que defendía la intervención y organizó un gabinete con miembros del partido conservador, al tiempo que el ejército invasor emprendía la marcha hacia el altiplano con el fin de apoderarse de la capital e impresionar a los mexicanos con las fuerzas que mandaba. Si bien es cierto que la primera sorpresa se la llevarían ellos al ser derrotados por el ejército mexicano encabezado por Ignacio Zaragoza en la célebre batalla de Puebla del 5 de mayo de 1862, la llegada de refuerzos y de un nuevo dirigente francés para la lucha, el general Forey, daría a la larga la posibilidad al ejército invasor de llegar hasta la capital en 1863.

El 31 de mayo, ante la inminencia de la llegada de las tropas francesas, Juárez y su gabinete abandonaron la capital. Ese mismo día el Congreso le dio al presidente un nuevo voto de confianza, cerró sus sesiones y se disolvió. Sin embargo, varios diputados, entre ellos el presidente en turno de la Cámara, Sebastián Lerdo de Tejada, decidieron acompañar al presidente en su peregrinación hacía el norte. En primera instancia, Juárez, su gabinete y la diputación permanente, se dirigieron a San Luis Potosí donde se establecieron los poderes de la nación; después, el gobierno de la República itinerante iniciaría su largo andar por diversas partes del país, manteniéndose a pesar de mil vicisitudes como el máximo órgano de representación mexicano durante todo el tiempo que duraría la intervención francesa y el imperio de Maximiliano.

Las facultades extraordinarias concedidas a Juárez por el Congreso, al inicio de la contienda, le permitieron mantenerse en el ejecutivo incluso después de haber terminado su periodo legal, en noviembre de 1865. Decidió prolongar su mandato más allá de esta fecha aduciendo las graves circunstancias por las que atravesaba la nación y con el fin de evitar el desmembramiento del grupo liberal en un momento tan crítico.

Las primeras disposiciones del general Forey al entrar a la ciudad se encaminaron a tratar de dar a la invasión que se estaba llevando a cabo un tinte de legalidad. Propuso la formación de una Junta Superior de Gobierno que a su vez elegiría a tres personas que ejercerían el poder ejecutivo. Esta Junta, apoyada por doscientos quince individuos formarían la Asamblea de Notables que de inmediato signó un documento encaminado a dar forma al gobierno intervencionista. En él se disponía que la nación adoptaba una monarquía moderada y hereditaria con un príncipe extranjero, el cual tendría el título de Emperador de México. Este título según se estipulaba, sería ofrecido al archiduque de Austria Fernando Maximiliano. Posteriormente se declaró que un Poder Ejecutivo provisional llevaría el nombre de Regencia.

A pesar de las críticas a su presencia invasora, desde sus primeras disposiciones Maximiliano dio muestra clara de su posición liberal con respecto a ciertos asuntos como la clausura de la Universidad, por considerarla reaccionaria. Durante el Imperio, por ejemplo, no se habló nunca de arrebatar a los nuevos dueños los bienes nacionalizados del clero. Más aún, una de las primeras disposiciones del emperador fue conceder la total libertad de prensa para que todos fueran libres de emitir opiniones. Posteriormente el gobierno imperial dispuso que los curas debían aplicar los sacramentos sin exigir remuneración; las rentas que se percibían por la nacionalización de los bienes eclesiásticos serian entregadas al gobierno; el emperador y sus herederos gozarían, con relación a la Iglesia, de los mismos derechos que gozarían los reyes de España en sus colonias, habría un control civil sobre los matrimonios nacimientos y defunciones, así como sobre los cementerios y, en fin, una serie de medidas encaminadas a sostener algunas de las leyes reformistas que se habían dado ya en nuestro país con el gobierno liberal. El tenor de las disposiciones emitidas por el gobierno imperial no gustó a los conservadores y mucho menos a la Iglesia que de inmediato presionó al emperador para que eliminara todas las leyes reformistas.

Maximiliano encontró en los conservadores gran renuencia a su política liberal y en los liberales una oposición férrea por representar a los invasores y, por ende, el ataque a la soberanía y a las instituciones. Y si bien el ejército francés había logrado que la Regencia gobernara en varios estados, nunca logró tener control absoluto sobre todo el país. Cuando el ejército desocupaba alguna ciudad, grupos liberales la recuperaban de inmediato para su causa. Para su desgracia, al término de la guerra civil en Estados Unidos, en 1866, Maximiliano supo que Napoleón había decidido retirarle su apoyo militar por así convenir a sus intereses amén de que en su propio país se ponía en tela de juicio la intervención no sólo por el hecho mismo, sino por el costo tan oneroso que representaba para Francia.

Hacia 1867 Juárez había recuperado para la causa liberal varias de las plazas ocupadas por los imperialistas, llegando incluso hasta San Luis Potosí donde esperó para recuperar el centro del país. Si la república itinerante había perdido hombres durante la lucha, en este momento destacaba en sus filas políticos de la talla coronel Porfirio Díaz cuya labor durante la guerra contra Francia sería fundamental, sobre todo, en el sitio y toma de la ciudad de Puebla, que lo convirtió en el famoso " héroe del 2 de abril. ''

Gradualmente los jefes militares ganaron terreno y, al capitular Querétaro, Maximiliano fue aprendido y, luego de un juicio sumario, fue encontrado culpable de traición y sentenciado a morir fusilado. Con su muerte se puso fin a una de las etapas más penosas de nuestra historia, pero también a una de las más gloriosas. Significó el triunfo de la República, el reforzamiento de; unión y el sentimiento nacional así como la capacidad de los mexicanos para salvaguardar su integridad.