Al enfrentar la guerra contra los Estados Unidos, la facción liberal cobró fuerza y demandó como consecuencia la reposición de la Constitución de 1824 reformada. El congreso abrió sus sesiones el 6 de diciembre. Pronto la Asamblea Legislativa, configurada equilibradamente con diputados del ala moderada y radical, llevó a cabo la elección de presidente de la República resultando electo el candidato de los puros: Antonio López de Santa Anna, con Valentín Gómez Farías para la vicepresidencia; designó la comisión de Constitución, integrada por Juan José Espinosa de los Monteros, Manuel Crescencio Rejón, Mariano Otero, Joaquín Cardoso y Pedro Zubieta; reconoció la carga que sobre sí se depositaba, pues surgían a su alrededor severos problemas.

Sin embargo, el desánimo no contagió a los representantes quienes trabajaron con ahínco. Por principio de cuentas declararon vigente la Constitución de 1824. En las discusiones destacó Mariano Otero quien hizo la presentación de su voto particular que puede ser considerado como el punto central de este congreso. Treinta artículos configuraban la llamada Acta de Reformas que, de hecho, era la obra de Otero, aunque discutida y modificada en pequeñeces. Allí se estableció, entre otras cosas, el recurso de amparo que significó un gran adelanto de México en materia constitucional.

Cabe hacer notar que la dolorosa experiencia de la guerra y sus consecuencias fortaleció el incipiente sentimiento de nacionalidad, reconoció las dimensiones del territorio nacional y promovió la unidad nacional. Una vez finalizada la guerra, el Congreso declaró presidente electo a José Joaquín de Herrera. Su gobierno tuvo que enfrentar los efectos de la guerra, y tratar de reconstruir la devastada imagen nacional.

La rivalidad entre los poderes Legislativo y Ejecutivo se había incrementado a consecuencia del gran control que el Congreso llegó a desplegar dentro de la vida nacional. De hecho limitaba cualquier iniciativa presidencial que fuera en contra de lo que en él se considerara prioritario, siendo el Legislativo, en gran medida, el principal órgano rector en México.

Los presidentes Herrera y Arista intentaron en vano conseguir que el congreso les concediera poderes extraordinarios para enfrentar la difícil crisis por la que pasaba la nación.