La evangelización fue otro de los grandes acontecimientos del siglo XVI . Se inició con la llegada del clero regular, de cuyos pasos quedaron huellas en diversas regiones de nuestro país. Los primeros misioneros fueron los franciscanos, luego llegaron los dominicos, los agustinos, los jesuitas y más tarde otras corporaciones llamadas congregaciones menores. La fundación de pueblos y misiones trajo consigo el surgimiento de escuelas, monasterios, parroquias, etc. La capacidad racional de los indígenas y el derecho para recibir los sacramentos, tener libertad e instrucción fueron reconocidos por la bula Sublimis Deus, expedida en 1537 por el papa Paulo III.

Durante la Colonia y a partir de los reyes católicos, el absolutismo implicó la unidad territorial, política y religiosa en sus dominios. Esta unión debía manifestar el predominio monárquico sobre cualquier institución y, en el caso de la Iglesia, se logró mediante el Real Patronato, es decir, en el reconocimiento o legitimidad que los Papas ( 1493-1508 ) habían concedido al poder temporal de los reyes . El Patronato Real hizo de la Iglesia otra rama del gobierno.