La Corona se reservó el dominio de las tierras descubiertas y un quinto de los beneficios de la plata y otros metales; además, otorgó ciertos derechos a los conquistadores y en especial a quienes encabezaban las expediciones, concediéndoles títulos de nobleza, encomiendas y, de manera excepcional, señoríos.

La organización política primitiva de la Colonia fue " semifeudal ", las instituciones eran prolongación de las de la Conquista. La organización era como una pirámide con rangos y rasgos señoriales: en su base estaban los caciques e indios principales; sobre ellos los encomenderos o señores secundarios y por encima de todos Hernán Cortés, el señor principal.

Las leyes emanaron de la corona y eran dictadas por el Real y Supremo Consejo de Indias, organismo que asesoraba al rey en el gobierno de los territorios americanos.