En las elecciones para el Congreso de la Unión de julio de 1918, el Partido Liberal Constitucionalista, mejor organizado que otros partidos, tuvo la mayoría, pero hubo múltiples acusaciones de fraude. La recién instalada XXVIII Legislatura se caracterizó por su resistencia frente a Carranza ya que sus integrantes tenían preferencia hacia Obregón. Este, desde su retiro en Sonora, esperaba verse favorecido para suceder al presidente en los comicios de 1920, pero como Carranza no daba señales de favorecerlo, decidió lanzar su candidatura en junio de 1919. Carranza quiso imponer en el gobierno a un civil, pues pensaba que era la mejor opción para el país, que frenaría los anhelos de dirección política de los nuevos líderes surgidos de la Revolución.

Los diputados acusaron al presidente de convertir al Ejecutivo en partido político y las diferencias entre carrancistas y obregonistas se acentuaron. Las hostilidades comenzaron en Sonora, entre el gobernador De la Huerta y Carranza, por una serie de desacuerdos sobre la entidad.

La rebelión se concretó en el Plan de Agua Prieta en el que se desconocía al presidente, se nombraba jefe del Ejército Libertador Constitucionalista al gobernador de Sonora, Adolfo de la Huerta y se proponía que al triunfo del movimiento el Congreso de la Unión eligira un presidente provisional que llamara a elecciones inmediatas para designar el gobierno legal. Una semana después de proclamado el Plan, prácticamente todo el ejército se había sumado a la sublevación y Carranza tuvo que abandonar la ciudad de México acompañado de una reducida escolta, rumbo a Veracruz. En Tlaxcalantongo, Puebla, fue asesinado el 21 de mayo de 1920.

Como consecuencia de estos sucesos, en la capital se inició el debate para designar presidente provisional. Hubo en la Cámara de Diputados y el Senado una fuerte lucha interna para designar al candidato que se escogería de los tres o cuatro personajes que tenían posibilidades. Los obregonistas, que eran mayoría en la Comisión Permanente de la Legislatura, inclinaron la balanza hacia Adolfo de la Huerta, en consecuencia los gonzalistas, partidarios de Pablo González, tuvieron que aceptar su derrota.

El 5 de septiembre se efectuaron las elecciones presidenciales y en diciembre tomó posesión como presidente constitucional Alvaro Obregón. Había triunfado sobre sumas cercano oponente por más de un millón de votos. El movimiento de Agua Prieta fue el producto de un reacomodo de las fuerzas dentro del grupo dominante y los problemas a los que se enfrentaron Obregón y luego Calles fueron primordialmente de orden político. Tuvieron que establecer una posición de predominio con relación al resto de los grupos revolucionarios. Asimismo el papel del Congreso fue más político que legislativo.

Obregón, buen estratega, comprendió que para afianzarse en el poder era necesario que su triunfo militar y electoral se convirtiera en un triunfo social y político, transformando al Estado en uno auténticamente nacional y por encima de todos los grupos. Para lograr esto era necesario poner en práctica lo que establecía la Constitución: dar satisfacción a las demandas de los campesinos y de los obreros, así los tendría como aliados y su poder no vendría solamente de los militares sino que se apoyaría una base popular.

Estos eran los proyectos de una ley agraria, la Ley de Ejidos, aprobada en diciembre de 1920, que privó a los jefes militares de la facultad de distribuir tierras; una del trabajo y un proyecto para la organización del Banco de la República Mexicana, banco único de emisión, además del proyecto para la creación de la Secretaría de Educación Pública Federal. En la práctica, el sistema de partidos no dio buenos resultados. Ya desde Carranza, el Poder Ejecutivo comenzó a tomar preponderancia sobre el Legislativo y el Judicial. Aunque México tenía formalmente un sistema pluripartidista, los partidos políticos no desempeñaron papel alguno, es decir formular y articular las demandas de la población, sino que sirvieron de instrumento a caudillos y líderes que por lo general se servían de ellos para lograr sus fines. El carácter personalista de los partidos explica su corta vida, ya que si el líder triunfaba el partido tenía injerencia en la vida política; si no, desaparecía.

Para las elecciones de 1924 grupos enemigos de Obregón y amigos de Adolfo de la Huerta presionaron a éste para que lanzara su candidatura. Sin embargo, el elegido fue Calles y el Partido Socialista del Sureste se encargo de destaparlo.

Había en el ambiente fuertes rumores de rebelión y obregonistas y delahuertistas se movían tratando de ganar adeptos. De la Huerta aceptó firmar el Plan de Veracruz y rompió con el gobierno. En el documento se mencionaba, entre otras cosas, que Obregón quería acabar con la independencia del Poder Legislativo y que utilizó amenazas y soborno para tener Cámaras serviles e imponer a su candidato. La principal bandera de los insurrectos fue la misma que usó Obregón contra Carranza: la imposición.

Tras varios meses de lucha la rebelión delahuertista fue sofocada y en los comicios de julio de 1924 llevaron al poder a Calles. Ante el Congreso, instalado esta vez en el recién creado Estadio Nacional, el nuevo presidente tomo posesión. Calles, más que Obregón, era considerado como miembro del ala progresista de la Revolución por su abierta actitud hacia las demandas de los grupos campesinos Asimismo intentó establecer una relación armoniosa entre los obreros organizados en la CROM y el gobierno. Sin embargo este grupo todavía no podía sustituir al ejército como su mayor apoyo.

También se dictaron leyes que ayudaron a la reorganización económica y agraria: se estableció un impuesto permanente a la renta, que provocó airadas reacciones, pero que permitió al Estado jugosas entradas; se creó el Banco de México; también el Banco de Crédito Ejidal y la Comisión Nacional Bancaria, encargada de vigilar a los bancos y asegurarse de su correcto funcionamiento; se aprobó la Ley de Dotaciones y Restituciones de Tierras y Aguas, más conocidas como Ley Agraria o Ley Bassols y se constituyeron las Comisiones de Irrigación y Caminos.

Hay varios aspectos interesantes a nivel nacional e internacional que influyeron en los gobiernos de Calles y el Maximato; en ellos el Congreso de la Unión tuvo una activa participación. La incipiente estabilidad se rompió en 1926 al enfrentarse la Iglesia al Estado. Desconociendo los cambios operados en los años de Revolución la Iglesia católica intentó recuperar privilegios. La oposición no se tradujo inmediatamente en acciones efectivas, pero durante todo el gobierno de Obregón las relaciones fueron tensas. Se creó en esos años la Asociación Catódica de Jóvenes Mexicanos y el gobierno expulsó al nuncio apostólico por declaraciones políticas hostiles de la alta cúpula católica. La situación se agravó durante el gobierno de Calles, que en cierta medida alentó las acciones jacobinas, y publicó en junio de 1926 una serie de leyes que controlaban los intereses católicos y señalaban penas para los infractores de la ley. Declaraciones hostiles en contra de la Constitución en 1926 provocaron el cierre de escuelas y conventos por parte de las autoridades civiles y la expulsión de sacerdotes extranjeros . En respuesta, la Liga Nacional de la Defensa de la Libertad Religiosa decretó un boicot para crear una crisis económica. En septiembre, al iniciarse el periodo ordinario de sesiones del Congreso, Calles informó del cierre de escuelas, iglesias y conventos y de la expulsión de sacerdotes extranjeros. A los pocos días el Episcopado sometió al Congreso una petición en la que decía tener unos dos millones de firmas para solicitar que algunos preceptos constitucionales fueran derogados y otros se reformaran, pero la petición fue rechazada por el Congreso con el argumento de que el Episcopado no tenía la capacidad legal para presentar una petición en el terreno político. La Iglesia suspendió el culto y no tardó en estallar la rebelión armada. La rebelión cristera, que se centró en los estados de Jalisco, Guanajuato, Colima y Michoacán, tuvo carácter rural, aunque su dirigencia, la LNDLR era urbana. La pacificación fue lenta; en 1928 Calles tuvo conversaciones con el alto mando eclésiastico pero no se llegó a una solución. Finalmente se lograron los acuerdos y en 1929 la Iglesia reanudó el culto y el ejército cristero se rindió; por su parte el gobierno, sin modificar sus disposiciones anteriores se comprometió a aplicarlas con espíritu de avenencia.

Como consecuencia de la desilusión ocasionada con el desarrollo de la vida nacional luego de la lucha revolucionaria, de la falta de entusiasmo por cumplir los principios establecidos en la Constitución, surgió el movimiento vasconcelista, quien fuera ministro de Educación con Obregón rompió con el grupo gobernante y en 1929 lanzó su candidatura a la presidencia con un programa que centró su campaña en la denuncia del vacío moral del grupo en el gobierno. Su impacto en los centros urbanos fue importante. Pese a insistir en que había triunfado en las elecciones, no tuvo la fuerza militar para imponerse y dejó el país.

La sucesión presidencial que tendría lugar en 1928 provocó otra crisis; a pesar de ser Calles el presidente, Obregón continuaba siendo la figura política más importante. Calles consideró que Arnulfo R. Gómez era el indicado para sucederle, en tanto que Obregón apoyó al general Francisco Serrano, secretario de Guerra. Para resolver esta situación Obregón decidió que el más indicado era él mismo.

Para obtener la candidatura Obregón logró que el Congreso modificara la Constitución y permitiera reelección siempre y cuando ello no fuese para un periodo inmediato. Con ello se rompió una de las banderas de lucha de la Revolución; se dijo en ese entonces que se renunciaba de manera consciente al democrático ideal de la no reelección. El proyecto de reformas al artículo 83 constitucional fue aprobado por unanimidad de 139 votos en los términos siguientes: '' Artículo 83. El presidente entrará a ejercer su encargo el 1 de diciembre; durará en él seis años y nunca podrá ser reelecto para el periodo inmediato... '' En diciembre se declaró que la mayoría de las legislaturas de los estados aprobaban las reformas y se turnaron al Senado.

Las elecciones se llevaron acabo y el 1 de junio de 1928, el Congreso declaró a Obregón vencedor, sin embargo un mes después sería asesinado. El país entró en una nueva crisis, ahora porque los obregonistas que se habían separado totalmente de los callistas veían afectado su futuro. Calles llamó a los principales jefes militares para decidir quién ocuparía provisionalmente la presidencia y fue designado Emilio Portes Gil. Por consiguiente se le nombró primero Secretario de Gobernación y luego el Congreso lo designó presidente provisional.

Uno de los últimos actos de Calles como presidente y quizá de importancia trascendental para el sistema político mexicano, fue la creación de un partido que agrupara a todas las corrientes, el Partido Nacional Revolucionario. Las funciones que desempeñaría fueron múltiples; dio fuerza a los candidatos, evitó la anarquía de las luchas electorales que dividían a los revolucionarios y permitió la participación de todos aquellos que se incorporaran a él.

Con la creación del PR de hecho los partidos improvisados o electoreros desaparecieron, y éste surgió como la unión de todos los sectores revolucionarios, declarando como su meta el cumplimiento de los postulados de la Constitución de 1917. Sus fundadores fueron altos jefes militares, caciques y líderes campesinos y obreros. Mucho tiempo después llegó a tener gran importancia la organización e incorporación de los obreros y campesinos. En el programa se dio gran énfasis a la necesidad de conciliación nacional, siendo el órgano de ella el Estado, además de que éste debía asumir un papel preponderante en la promoción del desarrollo económico, sin impedir el crecimiento del sector empresarial y respetando los derechos del trabajador. Desde un principio quedó establecido que la oposición controlada era aceptada, pero que no se le permitiría actuar de manera efectiva. Desde 1935 el presidente asumió formalmente la jefatura del Partido y toda discrepancia entre éste y el gobierno desapareció.

En las elecciones de 1929, para sustituir a Emilio Portes Gil, el Partido pudo por primera vez demostrar su efectividad. La designación favoreció a Pascual Ortiz Rubio, que sin ser una figura destacada permitía a Calles conciliar sus intereses con los de los obregonistas.

Antes de las elecciones un grupo de militares encabezado por Gonzalo Escobar guió la última gran rebelión militar en marzo de 1929 y en el Plan de Hermosillo acusó a Calles de querer perpetuarse en el gobierno, culpándolo del asesinato de Obregón. Los escobaristas corrieron con mala suerte y al poco tiempo la revuelta fue sofocada.

Aprovechando su regreso triunfal después de la campaña, Calles expidió, en mayo de 1929, una declaración en la que anunciaba su renuncia a la Secretaría de Guerra y su regreso a la vida privada. Se refirió al fracaso político de la Revolución, al mismo tiempo que expresaba satisfacción por el progreso hecho desde 1910 en lo económico-social, la administración y la construcción. La Revolución, según dijo, había sido un fracaso con respecto a la democracia y al voto. Señaló que prácticamente resultaba imposible para el presidente hallar el remedio, concluyó que eran los verdaderos partidos políticos los que tenían que remediar la situación y pidió al PNR reparar los errores que la Revolución había cometido en materia política.

Esta última rebelión sirvió para acelerar el proceso de concentración del poder en el centro, que recayó en el Jefe Máximo de la Revolución, el general Calles, y quien lo ejerció entre 1929 y comienzos de 1935.