A pesar de que el triunfo de Madero en las elecciones fue indiscutible su popularidad había disminuido durante los días del interinato debido a una serie de problemas que tuvo que enfrentar, entre ellos la continuidad del movimiento zapatista. Ya que la mayoría de los revolucionarios que ocupaba cargos administrativos no tenía experiencia en este campo, la resolución de los problemas se hizo en forma lenta y cautelosa, lo cual exasperó a la gente y llevó a muchos a volverse contra Madero. El clima de inquietud y revueltas sería uno de los problemas mayores a los que se enfrentó el naciente gobierno maderista. Por otra parte, Madero heredó un Poder Legislativo porfirista con el que tuvo que trabajar por casi un año y que fue renovado en septiembre de 1912.

La Cámara de Diputados, autónoma e independiente por primera vez en muchos años, realizó una fuerte labor de oposición al régimen maderista con una independencia no ejercida antes. A finales de abril de 1912 la mayoría de las legislaturas de los estados habían aprobado la reforma de la Constitución que establecía el voto directo para las elecciones de presidente, vicepresidente, diputados y senadores y, como correspondía, de acuerdo a los términos marcados por la Constitución, en junio de 1912 se realizaron elecciones para diputados y senadores (voto directo) y ministros de la Suprema Corte de Justicia (sufragio indirecto). Las elecciones se llevaron a cabo en forma tranquila.

El Senado se renovó sólo en parte y en él quedó un grupo importante de hombres del antiguo régimen. La XXVI Legislatura sesionó apenas seis meses efectivos. La instalación de la Cámara ocupo muchas de las sesiones y dejó poco tiempo para emprender las reformas, pero fue escenario de intensos debates entre revolucionarios y porfiristas.

La mayoría de los partidos políticos tuvo representación en la Cámara: estaban el Partido Constitucional Progresista o " Renovador ", el Liberal y el Católico; a ellos se sumaban los diputados llamados independientes. El más significativo y mayoritario de los grupos que integraron la legislatura fue el " Renovador ", que a pesar de ser partidario de Madero no siempre estuvo de acuerdo con su política conciliadora.

Quizá la iniciativa más importante que se presentó ante el cuerpo legislativo fue la de Luis Cabrera, relativa a la dotación y reconstitución de ejidos. Este proyecto fue punto de partida de la Ley Agraria del 6 de enero de 1915 que decretó Carranza y que luego se incorpororaría al artículo 27 constitucional. Otra iniciativa importante fue la de una ley obrera para los trabajadores de las fábricas textiles, que contó con el consenso de la diputación maderista. Hicieron la defensa de esta ley Jesús Urueta, Heriberto Jara y José N. Macías, quienes se manifestaron por un estado interventor en la economía y regulador de la riqueza social generada por el trabajo.

Conforme transcurrió el gobierno de Madero, muchos diputados, decepcionados del régimen, se fueron alejando y otros radicalizando en su posición al no encontrar respuesta a su demandas. Aunque la Cámara tuvo pocos logros efectivos, marcó un camino al movimiento revolucionario.

Los zapatistas continuaron en su lucha por la tierra y a no ver resueltas sus peticiones, en noviembre de 1911 formularon el Plan de Ayala que, en lo político, desconocía a Madero como presidente y jefe de la Revolución y llamaba a su derrocamiento mientras que en lo agrario disponía la nacionalización de los bienes de los enemigos de la Revolución y resolvía que los pueblos campesinos entraran en posesión de sus tierras desde ese momento y que las conservaran defendiéndolas con las armas.

Otra de las rebeliones fue la de Pascual Orozco, quien con el apoyo de la oligarquía de Chihuahua y de la legislatura local firmó el Pacto de la Empacadora. El orozquismo, tras importantes batallas, fue sofocado por las fuerzas leales a Madero.

El clima de inseguridad que se vivía en el país, persistencia de la rebelión zapatista, las discusiones sobre una reforma agraria en el Congreso, los sindicatos y la actitud de los inversionistas extranjeros, empezaron a preocupar a los que tenían; el poder económico; pensaban que si Madero era incapaz controlar al país sería necesario tomar medidas radicales.

El cuartelazo en contra del presidente Madero comenzó con la sublevación de una parte del ejército federal el 9 de febrero de 1913, y se prolongó durante los diez días conocidos como la Decena Trágica. El pacto de los sublevados fue firmado en embajada de los Estados Unidos con la intervención directa del embajador Henry Lane Wilson; por él se destituía de su cargo a Madero; él y el vicepresidente Pino Suárez se vieron obligada presentar sus renuncias en sesión extraordinaria del congreso. Muchos diputados no asistieron y no hubo quórum legal. A pesar de ello, el Secretario de Relaciones Exteriores, Pedro Lascuráin protestó como presidente de acuerdo con la Constitución y designó a Victoriano Huerta Secretario de Gobernación; acto seguido renunció a la presidencia, y la dejó en manos de Huerta. Sólo 8 diputados votaron en contra de las renuncias de Madero y Pino Suárez, que pocos días después serían asesinados.

Al asumir Huerta la presidencia hubo algunos cambios en la Cámara, y sus diputados fueron abandonándola paulatinamente para unirse al movimiento revolucionario. La fuerza grupo renovador disminuyó, pero en lo general todos los legisladores se mostraron preocupados por el papel que desempeñaba Cámara y estuvieron dispuestos a defender las facultades que les correspondía y el carácter independiente del Poder Legislativo situación que lo enfrentó al Ejecutivo. Lo que llegó al límite fue el asesinato del senador Belisario Domínguez, quien había escrito un valiente discurso en contra de Huerta, pero no pudo pronunciarlo ya que fue privado de la vida. Ante su muerte, la Cámara consideró que había que actuar y pedir explicaciones al presidente, demandó al mismo tiempo garantías para sus miembros y señaló que sus sesiones se celebrarían en un lugar adecuado, lejos del representante del Ejecutivo. El Consejo de Ministros solicitó a la Cámara que revocara su determinación y se le informó que en caso de no hacerlo disolvería por medio de la fuerza pública. El presidente de la Cámara se negó y 84 diputados fueron hechos prisioneros y llevados a la penitenciaría. Ante esta situación el Senado acordó propia disolución. Aunque Huerta convocó a elecciones diputados y senadores y una XXVI Legislatura " bis " fue inaugurada el 20 de noviembre de 1913, muy pronto tuvo que disolverse. Con ello el país se ponía al margen del orden constitucional volvería a instalarse un Poder Legislativo formal, hasta 1916.