Dar cumplimiento a los Acuerdos de San Andrés Larráinzar firmados entre el Gobierno Federal y el Ejército Zapatista de Liberación Nacional, el 16 de febrero de 1996, bajo el amparo de la Ley para el Diálogo, la Conciliación y la Paz Digna en Chiapas, con el objeto de reconocer la libre determinación, y como expresión de ésta, la autonomía como garantía constitucional para los pueblos indígenas, a fin de dotarles de derechos específicos en torno a los aspectos sustantivos que constituyen su razón de ser como pueblos: formas propias de organización social y política, promoción y desarrollo de sus culturas, aplicación de sus sistemas normativos internos, definición de estrategias para su desarrollo y acceso al uso y disfrute de recursos naturales.

     En cuanto a las reformas relativas al artículo 115 constitucional, se busca: propiciar el ejercicio del poder político en todos los niveles y ámbitos de Gobierno; establecer la integración de los ayuntamientos para que los que tengan población mayoritariamente indígena, si así lo deciden, se remunicipalicen para buscar coincidencia con los territorios actualmente ocupados por los pueblos indígenas y establecer la posibilidad de coordinación entre dos o más municipios o varias comunidades entre sí, sin suponer la creación de un cuarto nivel de Gobierno.